第一章 蛋白質結構概述
第一節 蛋白質的結構層次
一、一級結構
二、二級結構
三、三級結構（折疊模式）
四、四級結構
第二節 蛋白質結構的測定方法
一、X射線晶體學
二、核磁共振
三、結構分析的其他方法
第三節 蛋白質結構預測的意義
第二章 蛋白質二級結構預測
第一節 蛋白質二級結構預測概述
第二節 蛋白質二級結構預測實例
第三章 利用同源模建法預測蛋白質結構
第一節 同源模建的基本原理及基礎
第二節 同源模建預測蛋白質結構的基本步驟
一、參考蛋白搜索
二、確定結構保守區
三、蛋白主鏈的模建
四、側鏈安裝
五、優化處理
六、合理性檢測
第三節 利用SWISS-MODEL服務器進行蛋白質結構同源模建操作實例
一、登錄服務器，輸入目標序列
二、模建結果與分析
第四節 利用Discovery Studio結構模擬系統進行同源模建操作實例
一、識別模板，比對模板
二、將模板進行比對
三、將目標序列與模板比對
四、使用MODELER構建目標序列的D模型
五、模型評估
第四章 利用折疊模式識別法預測蛋白質結構
第一節 折疊模式識別法的基本原理
第二節 折疊模式識別法預測蛋白質結構的操作實例
一、程序的安裝
二、Threader程序的運行
三、結果分析
四、過濾假陽性結果
第五章 蛋白質分子對接技術
第一節 蛋白質分子對接概述
第二節 利用LibDock進行分子對接的基本操作方法及實例
一、準備分子對接體系，執行分子對接計算
二、分析對接結果
第三節 利用Flexible Docking進行受體和配體柔性的分子對接實例
一、準備對接的分子體系，完成分子對接計算
二、分析配體對接結果
第四節 利用AutoDock程序進行分子對接的操作及研究實例
一、AutoDock的安裝
二、AutoDock的基本應用
三、實例分析
第六章 蛋白質-蛋白質復合物的結構模擬
第一節 蛋白質與蛋白質對接的意義
第二節 利用ZDOCK來研究蛋白質-蛋白質的對接
一、設定一次ZDOCK計算
二、分析ZDOCK結果
三、利用RDOCK優化對接構型
四、使用RMSD分析結合界面的氨基酸
第三節 利用Hex研究大分子與大分子之間的相互作用
一、Hex的安裝
二、Hex的基本應用
三、對接實例
第七章 蛋白質結構的分子動力學模擬
第一節 蛋白質分子動力學模擬概述
第二節 Discovery Studio平台中分子動力學操作實例
一、準備分子動力學體系，執行分子動力學計算
二、分析分子動力學計算結果
第三節 利用NAMD進行分子動力學計算的操作及研究實例
一、NAMD簡介
二、NAMD程序的安裝與使用
三、構建模型
四、分子動力學模擬
五、可視化與數據處理
第四節 利用GROMACS進行分子動力學模擬操作
一、GROMACS介紹
二、GROMACS的下載及安裝
三、GROMACS的基本操作
本書主要參考文獻
附錄 部分蛋白質結構預測相關的網上資源
